東山區境內原為平埔族「和安雅」( Hoanya ) 系「哆囉嘓」( Doroko ) 社聚居之地，此系有兩個支族「羅亞族」( Lloa )(台語的lo-a). 和「阿里昆」( Arikun )，聚居地主要分佈於南投、彰化、雲林、嘉義和台南市境內，「哆囉嘓」社為「羅亞族」的六大社之一，以東山及白河一小部份為其生活領域。

明鄭時期 ( 清康熙八年、西元 1669 年 )，鄭氏部將何替仔召集閩籍墾戶入墾東山週邊土地，後來，漢人移居者日漸增多，並與平埔族民交易、通婚成立新莊，乾隆 29 年出版之續修府志，始稱「哆囉嘓街」。乾隆中葉，有平埔族西拉雅系蕭壟社民 ( 蕭壟社在今台南縣佳里鎮 ) 經「倒風內海」( 清代台南市西部潟湖之一，乾隆後日漸淤塞成平陸 ) 溯急水溪而上入其支流龜重溪，於吉貝耍 ( 今東山鄉東河村 ) 登陸，佔領原哆囉嘓社的地盤，吉貝耍遂成為蕭壟社最大支社之一。

---

本鄉目前之行政區於清朝中葉分屬於「哆囉嘓東頂堡」、「哆囉嘓東下堡」、「哆囉嘓西堡」共三堡，東頂堡有四庄 ── 牛肉崎庄 ( 今水雲村、林安村 )、下南勢庄 ( 今南勢村 )、前大埔庄 ( 今東原村、嶺南村 )，崎仔頭庄 ( 今青山村、高原村 )。東下堡有三庄 ── 大客庄 ( 今大客村、科里村 )、二重溪庄 ( 今南溪村 )、番仔嶺庄。西堡有五庄 ── 番社街 ( 今東山村、東中村、東正村 )、許秀才庄 ( 今三榮村 )、田尾庄 ( 今聖賢村 )、頂窩庄 ( 今聖賢村 )、吉貝耍庄 ( 今東河村 )。

清末時期本鄉行政編制隸屬「諸羅縣哆囉嘓」，日據時編為「台南府鹽水港店仔口支廳番社」，嗣後，置卅郡街庄隸屬「台南卅新營郡」，名為「番社庄」，光復後，設鄉命名時，以此地位於台南市東方山地，境內又有「大凍山」，乃易名「東山鄉」，此乃本鄉鄉名之由來。