東山區境內原為平埔族「和安雅」( Hoanya ) 系「哆囉嘓」( Doroko ) 社聚居之地,此系有兩個支族「羅亞族」( Lloa )(台語的lo-a). 和「阿里昆」( Arikun ),聚居地主要分佈於南投、彰化、雲林、嘉義和台南市境內,「哆囉嘓」社為「羅亞族」的六大社之一,以東山及白河一小部份為其生活領域。

明鄭時期 ( 清康熙八年、西元 1669 年 ),鄭氏部將何替仔召集閩籍墾戶入墾東山週邊土地,後來,漢人移居者日漸增多,並與平埔族民交易、通婚成立新莊,乾隆 29 年出版之續修府志,始稱「哆囉嘓街」。乾隆中葉,有平埔族西拉雅系蕭壟社民 ( 蕭壟社在今台南縣佳里鎮 ) 經「倒風內海」( 清代台南市西部潟湖之一,乾隆後日漸淤塞成平陸 ) 溯急水溪而上入其支流龜重溪,於吉貝耍 ( 今東山鄉東河村 ) 登陸,佔領原哆囉嘓社的地盤,吉貝耍遂成為蕭壟社最大支社之一。


本鄉目前之行政區於清朝中葉分屬於「哆囉嘓東頂堡」、「哆囉嘓東下堡」、「哆囉嘓西堡」共三堡,東頂堡有四庄 ── 牛肉崎庄 ( 今水雲村、林安村 )、下南勢庄 ( 今南勢村 )、前大埔庄 ( 今東原村、嶺南村 ),崎仔頭庄 ( 今青山村、高原村 )。東下堡有三庄 ── 大客庄 ( 今大客村、科里村 )、二重溪庄 ( 今南溪村 )、番仔嶺庄。西堡有五庄 ── 番社街 ( 今東山村、東中村、東正村 )、許秀才庄 ( 今三榮村 )、田尾庄 ( 今聖賢村 )、頂窩庄 ( 今聖賢村 )、吉貝耍庄 ( 今東河村 )。

清末時期本鄉行政編制隸屬「諸羅縣哆囉嘓」,日據時編為「台南府鹽水港店仔口支廳番社」,嗣後,置卅郡街庄隸屬「台南卅新營郡」,名為「番社庄」,光復後,設鄉命名時,以此地位於台南市東方山地,境內又有「大凍山」,乃易名「東山鄉」,此乃本鄉鄉名之由來。